La fin de l'été et le début de l'automne annoncent le départ en migration pour beaucoup de rapaces et de passereaux. Les Pyrénées Ariègeoises sont un lieu privilégié pour l'observation de nombreuses espèces en halte migratoire ou en migration active. Les oiseaux sédentaires sont aussi bien visibles à cette période de l'année où les lumières douces offrent des observations inoubliables.
Le mois de septembre est tout aussi intéressant que le mois de juin et différent car de nombreux migrateurs (limicoles, passereaux et rapaces) arrivent pour passer la barrière des Pyrénées et continuer leurs routes vers le sud. Les rapaces locaux (milan royal, Grand-duc, gypaète barbu…) seront aussi bien présents et hors période de reproduction, il sera donc plus aisé de les observer sans les déranger. Les espèces présente au printemps sont encore là et s'ajoutent donc à celles-ci de nombreux migrateurs en halte ou en migration active : cigogne blanche, cigogne noire, circaète Jean-le-Blanc, busard cendré, bondrée apivore, pluvier guignard, chevalier guignette, rouge-queue à front blanc, tarier des prés, pouillot fitis, gobemouche noir... A cette époque de l'année, les chouettes et pics se remettent aussi à chanter et il est parfois plus facile de les entendre et de les observer.
Des oiseaux, mais pas que !
Stars du séjour, les oiseaux laisseront parfois la place à l'observation de quelques-uns des monuments de la faune pyrénéenne. L’isard, le cerf élaphe et le bouquetin ibérique (qui bénéficie actuellement d'un programme de réintroduction) comptent parmi les mammifères présents en montagne. Certains papillons, reptiles, amphibiens ou libellules pourront aussi être observés tout au long du séjour.